Informations sur le package ECPaysage

Présentation du package

Le package ECPaysage a été développé pour faciliter le partage et l’analyse d’une série de jeux de données utilisés au cours de l’école chercheur “Paysage et santé des plantes : analyser, comprendre et modéliser les processus écologiques en jeu” initiée par le métaprogramme INRA SMaCH (http://www.smach.inra.fr/Evenements/ecole-paysage).


Version de R

Le package ECPaysage doit être installé sur une version de R >= 3.2.2.

Il est également nécessaire d’avoir installé les packages suivants et leurs dépendances :

-ElemStatLearn

-class

-rpart

-randomForest`

-sp

-mvtnorm

-RandomFields

-splancs

-FeedbackTS

-ape

-rgdal

-SDMTools

-maptools

-ade4

-raster

-gstat

-geoR

-R2jags

Pour R2jags il est également nécessaire d’installer JAGS (http://mcmc-jags.sourceforge.net/, voir documentation du package R2jags)

Attention ! L’installation de rgdal pose parfois des problèmes. L’installation directe à partir du fichier *.tgz est souvent une bonne solution. Vous pouvez consulter les pages suivantes :

ECPaysage n’est pas dépendant de ces packages au sens strict du terme mais ceux-ci seront utilisés au cours des TDs.

Par exemple sous R tapez :

install.packages("nom du package")

Disponibilité

ECPaysage est hébergé sur le site de R-Forge : https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=2141 où les versions compilées pour linux/Mac OS (*.tar.gz) et windoze (*.zip) sont disponibles.


Installation

Dans la console R tapez :

install.packages("ECPaysage", repos="http://R-Forge.R-project.org", type="source")

ou bien

Dans la console système :

R CMD INSTALL chemin vers le fichier *.tar.gz

Le fichier *.tar.gz est celui que vous avez téléchargé depuis le site R-Forge ou depuis cette page

Dans la console R tapez :

install.packages("ECPaysage", repos="http://R-Forge.R-project.org", type="source")

ou bien

install.packages(chemin vers le fichier *.tar.gz, repos = NULL, type="source")

Le fichier *.tar.gz est celui que vous avez téléchargé depuis le site R-Forge ou depuis cette page

ou bien

Dans la console système :

R CMD INSTALL chemin vers le fichier *.tar.gz

Le fichier *.tar.gz est celui que vous avez téléchargé depuis le site R-Forge ou depuis cette page

Dans la console R tapez :

install.packages("ECPaysage", repos="http://R-Forge.R-project.org", type="source")

ou bien utilisez le fichier zip disponible depuis R-Forge.


Usage

Le package comporte un fichier tutoriel (on parle de vignettes dans le jargon R) qui est accessible depuis la console R en tapant :

library(ECPaysage)
vignette("introduction_ecpaysage")

Vous y trouverez la liste des jeux de données disponibles, le nom des fichiers correspondants ainsi que des informations sur les formats. Le document indique comment charger les données en mémoire et fournit le code correspondant.


dernière mise à jour : 30/12/15